В целях усиления инженерной подготовки военных специалистов на базе реализации научно-исследовательских работ с 1 октября 2013 года в соответствии с решением Учёного совета СФУ от 30 сентября 2013 года (протокол №8) и приказом ректора от 7 октября 2013 года №1168 создан Военно-инженерный институт (ВИИ). После проведенных организационных мероприятий на основании приказа ректора от 11 сентября 2019 года № 1032 Военно-инженерный институт продолжил свою деятельность.