Институт недропользования образован 01.02.2011 на базе горного факультета и факультета геологии, геоинформатики и геоэкологии. Создание института связано с получением ИрГТУ статуса национального исследовательского университета и необходимостью координации и расширения исследований по приоритетному направлению развития: «Высокоэффективные направления недропользования».