Медико-профилактический факультет организован в 2011 году. Ему предшествовало открытие в 2004 г. экологического факультета в составе специальности «Биоэкология» со специализацией «экология человека». В 2011 году на факультете были открыты три новые специальности — «медико-профилактическое дело» (врач), "медицинская биохимия (врач), медицинская биофизика (врач).