Фармацевтический факультет Новосибирского государственного медицинского университета был организован в 2001 году. Первыми были открыты кафедры фармацевтической химии и фармакогнозии с курсами фармацевтической технологии и ботаники. Кафедры возглавили специалисты, приглашенные из Томска и Кемерово. Первый набор студентов на факультет проходил на коммерческой основе на очною и очно-заочную формы обучения.