Факультет клинической психологии образован в 1999 году, а первый прием студентов произведен в 2000 учебном году. Факультет клинической психологии является подразделением Санкт-Петербургского государственного педиатрического медицинского университета и имеет государственную аккредитацию. Факультет осуществляет подготовку студентов по специальностям: Клиническая психология и Специальное дефектологическое образование.