Институт агроэкологии является молодым динамично развивающимся структурным подразделением ФГБОУ ВПО ЧГАА в статусе филиала. Организован в 1992 году. С 2009 года осуществляется подготовка бакалавров. Проводится набор в магистратуру. Главными направлениями научных исследований института являются разработка высокоэффективных технологий, обеспечивающих повышение урожайности сельскохозяйственных культур и продуктивности животных.